レジストリを修正
SSDのプチフリ対策とは関係ないが、以下のサイトから情報を得て不必要だと考えていた設定を行った
http://z0001.blog87.fc2.com/blog-entry-138.html
最終アクセス日時の更新を無効にする
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\FileSystem
NtfsDisableLastAccessUpdate(REG_DWORD)の値を初期値0から1へ変更
存在しない場合は作成
→ NtfsDisableLastAccessUpdateを作成して１を登録
8.3形式（MS-DOS形式）のファイル名の生成を無効にする
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\FileSystem
NtfsDisable8dot3NameCreation(REG_DWORD)の値を初期値0から1へ変更
→ ０から１にして登録
（2013.02.26追記）
共有フォルダで表示されないフォルダとファイルがあることに気付く
一部の新規ファイルだけでなく一部の既存ファイルも表示されなくなり、参照できないファイルとフォルダを共有側でコピー、ファイル名変更を行っても変化なし
現象は双方のPCで無効に設定した後に判明（共有側を有効に戻しても同様）
対象のファイルが8.3形式のファイルのみではないため双方の設定を無効に戻し復旧